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  • A collaborative online biological sample database that serves as a high quality data provider for global information systems

    Ichiyanagi, Marika; Iseto, Tohru; Sato, Takako; Saito, Nobuyuki; Hisazumi, Masatomo; Hosono, Takashi; Sasaki, Tomoki; Saito, Hideaki; Hanafusa, Yasunori (2016-12-06)
    The Japan Agency of Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC) has been engaged in research on the ocean, earth, and life since 1971, and has obtained a variety of data and samples through JAMSTEC cruises and activities. After the “Basic Policies on the Handling of Data and Sample by JAMSTEC” (http://www.jamstec.go.jp/e/database/data_policy.html) were enforced in 2007, the JAMSTEC data management office (DMO) began to manage these data and samples, and have made them accessible to the public via a series of online databases (http://www.jamstec.go.jp/e/database/). In compliance with the policy data records of over 40, 000 biological samples, collected from the surface of the ocean to a depth of 10, 902 m by JAMSTEC research projects since 1982, have been assembled and provided to the Marine Biological Sample Database (http://www.godac.jamstec.go.jp/bio-sample/index_e.html). These data are formatted in a way that is similar to the Darwin Core, for archiving and contributing to other information systems such as the Ocean Biogeographic Information System. However, JAMSTEC biological samples are dispersed, and stored by each scientist who collected them (since biological samples are not dividable or duplicable). These scientists have detailed information on how samples were collected, treated, processed, and stored, whereas DMO keeps consistent metadata for research projects, cruises and dive activities. Therefore, co-management of these scientists and DMO enables improvement in data quality. To achieve collaborative sample management, DMO applies the user authentication system of the Marine Biological Sample Database which allows the scientists and DMO to access the online editor interface and edit the data. With these refined data, this database also works as an entry point for access, allowing potential sample users to browse and request samples. Another benefit is that the storage of data and digitized samples in the database reduces the risks of data and samples being lost from natural or man-made disasters. The collaborative online database serves not only as a sample management tool, but also as a data provider to global information systems. The collaboration of scientists and DMO improves data quality, and networks and data standards support information exchange among providers and users.
  • Utilizing JAMSTEC crustacean samples may extend your study field. Poster and abstract

    Hosono, Takashi; Ichiyanagi, Marika; Iseto, Tohru; Sato, Takako; Sasaki, Tomoki; Hanafusa, Yasunori; Tsuchida, Shinji; Saito, Nobuyuki (Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (JAMSTEC), 2015)
    海洋研究開発機構 (JAMSTEC) では、航海で得られたデータ・サンプルを人類の共有財産とみなし、広く一般での利用を促進している。航海から2 年経過し、当初の課題が達成された生物標本についてもWeb 上で標本の詳細情報を公開し、採集者以外の研究者が標本を利用できる仕組みを提供している。現在JAMSTEC が提供可能な生物標本は35,145 点あり、このうち甲殻類の標本数は4,976 点である。これらにはアクセスの機会が限られる深海で得られた標本も多く含まれている。本発表ではJAMSTECが提供可能な甲殻類標本の概要を報告し、それらを利用するための具体的な申請方法について紹介する予定である。2015 年9 月現在、提供可能な甲殻類標本には20 目が確認されており、そのうち最も多くを占めているのは十脚目の2,684 点で、次いで、端脚目の850 点、無柄目の285 点がある。標本が様々な目にまたがって得られている一方で、種レベルまで同定が進んでいる標本は1,742 点であり、残りの3,234 点は属以上の分類階級にとどまっている。同定が進んでいる代表的な分類群の例として、ユノハナガニ科では全355 点の標本から2 属5 種340 点で種同定がなされている。また、オハラエビ科では全607 点の標本から7 属10 種396 点で種同定がなされている。JAMSTEC の特性上、深海を中心に出現する分類群の標本は同定が進む傾向にあるが、残りの3,234 点の標本は分類学的に“やりがいのある”標本として利用者の出現を待っている。JAMSTEC の生物標本の提供は分類学的目的に限定するものでは無い。過去の事例としては、遺伝子解析、共生生物の研究、あるいは、教育目的での展示など多岐にわたる。一般に、研究計画は自身の興味に加えて、研究素材へのアクセスが実現可能であるのかも考慮して組み立てられるだろう。しかし、研究組み立て時の研究素材候補としてJAMSTEC の生物標本群は含まれていただろうか?利用可能な標本の詳細情報が簡単に閲覧できるデータベース(http://www.godac.jamstec.go.jp/bio-sample/) へのアクセスは、これまで実施してきた研究材料との比較研究、あるいは深海生物に代表されるJAMSTEC 生物標本そのものを対象とした研究など、新しい研究を始めるための可能性を提供する(かもしれない)。